Trotz gewisser Erfolge im münzlosen Geldverkehr und im Kreditwesen blieb Europas Wirtschaft noch lange von der ausreichenden Zufuhr von Edelmetallen abhängig. Um 1660 kamen aus Lateinamerika Gold und Silber im Wert von rund 365 Tonnen Silber, während Europa nur noch 20 bis 30 Tonnen produzierte. Doch Spanien investierte den überwiegenden Teil dieses Edelmetallstroms in den Krieg gegen die Niederlande. Dabei standen kurzfristige fiskalische Interessen im Vordergrund, aber langfristig löste diese Politik inflationäre Schübe aus und schadete der Wirtschaft. Ähnlich agierte Frankreich. Colbert, Berater König Ludwigs XIV., ersetzte diese Politik durch Behinderung des Edelmetallabflusses und Förderung des Zuflusses. Dazu stärkte er die Exportindustrien, erhöhte den Gold- zu Lasten des Silberkurses und stabilisierte die Staatsschuld so beeindruckend, dass viele Ausländer ihre Edelmetalle hier anlegten.
Gewinner dieser Entwicklung waren die Niederlande, die den Dukaton nach dem Vorbild des Dukaten als Großsilbermünze von hohem Ansehen einführten.
Doch nicht nur hierin gewannen die Niederlande, wenig später England, einen entscheidenden Vorsprung. Zunächst gründete man nach dem Vorbild des venezianischen Banco di Piazza di Rialto, die Wisselbank. Ihr gelang es, nicht nur den Münzwert zu stabilisieren, sondern man erzwang, dass Wechsel ab 600 Gulden nur noch über diese Clearingstelle verrechnet werden durften. Doch man ging viel weiter als in Venedig, um den Geldumlauf zu erhöhen und zu beschleunigen. Man gestattete den Kunden Gold zu deponieren, wofür sie als Quittung Recepissen erhielten. So wurde Amsterdam zum bedeutendsten Edelmetallmarkt, an dem alle Münzen in ausreichender Menge vorhanden waren, aber nur noch die Recepissen als Bargeld für größere Beträge umliefen. Eine ähnliche Ausweitung des Geldverkehrs erreichte Frankreich durch die Ausgabe von verzinslichen Staatspapieren, die gleichfalls veräußert werden konnten. Neben der Alltagstauglichkeit und dem hohen Vertrauen, das die Papiere genossen, weiteten sie die umlaufende Geldmenge sprunghaft aus und verbilligten langfristig Kredite – und stimulierten so Handel und Produktion weiter.
Venedig dagegen misstraute dieser künstlichen Aufblähung und sah sich dementsprechend Konkurrenten ausgesetzt, die mit billigen Krediten und reichlich Edelmetallen ausgestattet waren.
Der Verlust Zyperns bezeichnete nur einen Höhepunkt in der Kette der Verluste, die erst mit dem Verlust Kretas (1645–69) ihr Ende fand. Immerhin verteidigte Venedig in der Adria ein gewisses Monopol, das erst 1717 durch die Habsburger offiziell nicht mehr anerkannt wurde. Mit gewissem Erfolg baute man den Hafen von Spalato (Split) 1581 aus und befreite 1590 osmanische Waren, die hier in das venezianische Gebiet gelangten, von jedem Zoll.
Insgesamt wurden die Versuche der italienischen Mächte, durch Veränderung ihrer Wirtschaftspolitik alte Monopole zu brechen, sehr bedrohlich für Venedig. Das galt in begrenztem Umfang für Ancona, das der Kirchenstaat 1593 zum Freihafen erklärte, aber besonders für Livorno, das im selben Jahr zum Freihafen wurde und schnell erhebliche Teile des nahöstlichen Warenangebots an sich zog. Auch mit Ragusa, das gegen Tribut von den Osmanen unabhängig blieb, trat in der Adria eine scharfe Konkurrenz auf.
Gerade in dieser Zeit ging, nachdem der Pfefferhandel erstaunlich lange Widerstand geleistet hatte, sein Volumen nach 1620 erheblich zurück. Wenige Jahre später galt Pfeffer nicht mehr als östliche Ware, sondern als westliche (ponente). Holländer und Engländer hatten den Gewürzhandel weitgehend monopolisiert.
Katastrophale Ereignisse, wie die Pest von 1630, die beinahe 50.000 Venezianer das Leben kostete, begleiteten die einsetzende wirtschaftliche Stagnation. Dennoch konnte für den Bau der Kirche Santa Maria della Salute, die zum Dank für die Erlösung von der Epidemie errichtet wurde, immer noch die gewaltige Summe von 420.136 Dukaten aufgebracht werden, wenn sich auch der Bau bis 1686 hinzog.
Englische und holländische Tuche verdrängten zunehmend venezianische. Um 1600 hatte Venedig noch 30.000 Stück Wolltuch produziert, um 1700 waren es noch rund 2.000. Man versuchte sich in Imitaten und trat immer häufiger nur noch als Zwischenhändler auf. Zucker und Baumwolle, zwei aufstrebende Produktionszweige seit dem 15. Jahrhundert, wanderten nach und nach Richtung Amerika ab, so dass die Rohzuckerproduktion zwischen 1630 und 1700 von zwei Millionen Pfund auf rund 600.000 zurückging.
Papiermühlen, Färbereien, Tuchwalkereien konnten sich in einer eng bewohnten Stadt auf Dauer nicht halten. Dagegen blieben die Produktion von Seife, Zucker, Wachs, die Verarbeitung von Edelmetallen und Kupfer, die Möbelindustrie und der Bau von Musikinstrumenten, besonders die Segel- und Tauproduktion in Venedig. Doch das dortige Klima war zunehmend innovationsfeindlich, so dass beispielsweise das Weberschiffchen erst 1784 in Venedig eingeführt werden konnte. Hingegen siedelten sich größere Betriebe auf der Terra ferma an, wo Manufakturen mit über 600 Arbeitern (in Spilimbergo) entstanden, in einem Unternehmen bei Treviso sogar 1000. Die Papierindustrie fand ihre Zentren um Toscolano-Maderno. Ihr Ertrag wurde 1615 auf 40.000 Dukaten geschätzt.
Rodungen, Trockenlegungen und Bewässerung nahmen zu, so dass man annimmt, die Agrarproduktion habe zwischen 1550 und 1600 auf dem Höhepunkt gestanden. Insgesamt brachten die neuen Industrien, dazu der Mais- und der Reisanbau mit seinen höheren Preisen, mehr Kapital ins Land.
Hingegen ging die Verstädterung zwischen 1600 und 1700 zurück. Venedigs Festland war in der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts, mit über 20 % der Einwohnerzahl in Städten über 10.000 Einwohnern, die am stärksten verstädterte Region Italiens –, während die Landbevölkerung von 1548 bis 1764 von 1,6 Millionen auf über 2,1 Millionen anstieg. Um 1600 arbeiteten bereits mehr als 25 % der Beschäftigten außerhalb der Landwirtschaft. Um 1700 hingegen war Venedig zum Selbstversorger bei den meisten Agrarprodukten geworden.
Der Krieg um Kreta verstärkte den Abzug von Menschen und Kapital aufs Land erheblich. So verkaufte die Stadt in ihrer Geldnot rund 900 km² staatlichen Landes, vor allem zwischen 1665 und 1682. Dazu kam der Verkauf von Kirchengut ab 1676. Wurden 1662 noch 8 % der Staatseinnahmen für den Schuldendienst aufgebracht, so waren es 1670 bereits 54 %, bei einem Schuldenberg von 35 Millionen Dukaten. Der Krieg um Kreta soll Venedig 125 Millionen Dukaten gekostet haben, was 40 Jahreseinkünften des Staates entsprach. In seiner Not fand sich der Adel 1646 bereit, die Zugehörigkeit zu dem ansonsten weitgehend unzugänglichen Stand für 100.000 Dukaten zu verkaufen. 125 Familien machten bis ins zweite Jahrzehnt des 18. Jahrhunderts davon Gebrauch. Ihr Aufstieg löste einen Prestigestreit zwischen alten und neuen Familien aus, der sich vor allem in den Luxusindustrien als anregend erwies.
Die Exportindustrien litten vor allem unter dem Protektionismus der Flächenstaaten und der ökonomischen Schwäche des Mittelmeerraums. Schon das osmanische Importverbot für Seide (1540) hatte die Seidenproduzenten gezwungen, auf andere Märkte auszuweichen. Die französische Wirtschaftspolitik schottete ihren Markt ihrerseits zunehmend gegen Konkurrenz ab, um eigene Industrien zu fördern und dem Fiskus Geldmittel zur Verfügung zu stellen. So erging ein Einfuhrverbot für Muranoglas, um die königliche Glasmanufaktur zu schützen. Ähnliches galt für die französische Seidenproduktion. Hatte Venedig um 1590 noch 10.000 Stück höchstwertiger Seidentuche produziert, so fiel dieses Niveau um 1660 bis auf 2.300, um sich gegen 1700 wieder auf rund 6.000 zu erholen. Bald genehmigte man sogar die Produktion von Rohseide, eine Rolle, die bisher die Kolonien übernommen hatten, während Venedig sich lange die Veredelung vorbehalten hatte.
Ähnlich wirkte der Rückgang der Kaufkraft im Reich, das während des Dreißigjährigen Krieges hohe Bevölkerungsverluste und einen drastischen Wirtschaftsrückgang erleiden musste.
Auch die Wirtschaftsimpulse aus Spanien und Portugal blieben zunehmend aus, ebenso aus dem Osmanischen Reich. Der Mittelmeerraum insgesamt stagnierte, wozu die überhand nehmende Piraterie der Barbaresken ihren Teil beitrug.
Venedig unterhielt um 1650 nur noch rund 100 mittlere bis größere Schiffe, wenn diese Zahl auch bis 1720 wieder auf über 200 anstieg. Allerdings waren dies überwiegend kleinere Schiffe. Die Kaufleute gingen zunehmend dazu über, holländische Schiffe zu erwerben. Der Senat befreite schließlich alle ausländischen Schiffe von den seit Jahrhunderten gewohnten Sonderabgaben. Der Vorrang der Schiffsbauindustrie war längst aufgegeben.
Zu den „äußeren“ Faktoren zählte die Pest, die Venedig vor allem in den 1630er Jahren verheerend traf. Der Verlust von mehr als einem Drittel der Bevölkerung sorgte dafür, dass der Kretakrieg die Stadt noch härter traf.
Dabei zeigte sich ein struktureller Nachteil in zunehmender Schärfe. Venedig schwankte viel länger als der Nordwesten Europas zwischen fiskalischen Interessen, Protektionismus und Handelsfreiheit hin und her. So nahm die Stadt aus den Zöllen für Waren im Fondaco dei Tedeschi 1709/10 mehr als 35.000 Dukaten ein. Andererseits wollte man den Handel mit den „Deutschen“ fördern, die im Fondaco durchgehend weniger Abgaben zu leisten hatten. Doch diese staatlichen Zolleinnahmen waren zu unbeweglich und sollten endlich an die „congiunture“ angepasst werden – womit Konjunkturen in einem sehr weiten Sinne gemeint waren. Aber selbst die private Verpachtung der Zölle brachte nicht die erhofften Erträge, im Gegenteil geriet der Pächter 1711 so stark in Zahlungsverzug, dass man ihm mit Konfiszierung seiner Kaution von 4.000 Dukaten drohte.
Insgesamt folgte Venedig jedoch zunehmend, wenn auch mit Verspätung, der Wirtschaftslehre dieser Zeit, dem Merkantilismus. Zu Beginn des 18. Jahrhunderts wurden noch Waren im Wert von 650.000 Dukaten über die Alpen verkauft und von 800.000 in den Rest Italiens. Gleichzeitig gingen Waren für fünf Millionen Dukaten in die Terra ferma. Venedig bildete also beinahe einen ökonomischen Mikrokosmos mit seinem verbliebenen Staatsgebiet.
Da die europäischen Minen immer weniger Erträge brachten, blieb die Abhängigkeit vor allem von spanischen und portugiesischen Edelmetallen sehr hoch. Der erste Goldrausch der Geschichte, ab 1693/95 in Brasilien, brachte fast während des gesamten 18. Jahrhunderts jährlich 10 bis 15 Tonnen Gold nach Europa . Bis gegen Mitte des Jahrhunderts verdoppelte sich zudem der Ertrag aus den spanischen Silberminen, die um 1800 über 700 Tonnen pro Jahr lieferten. Diese Edelmetallmengen förderten den Handel nach Asien ungemein, der schon immer große Edelmetallmengen verschlang, doch nur wenig davon gelangte nach Venedig.
Venedig reformierte 1722 und 1733 sein Münzsystem und reduzierte, ähnlich wie Genua, Savoyen und Mailand, die Zahl der Nominale, begrenzte die Kupfermünzen und passte die Münzprägung an die Wertrelation von Gold und Silber an. Schon jetzt unternahm man Versuche einer währungspolitischen Einigung Italiens, eine Zerklüftung, die immer deutlicher zum Hindernis wurde.
Darüber hinaus wurde immer deutlicher, dass Währungspolitik ein wichtiger Faktor der Wirtschaftspolitik war. Um also die Geldmenge auszuweiten, die die Kredite verbilligte und damit den Austausch anregte, versuchte man den Gebrauch von edelmetallfreiem Geld auszuweiten. Dies schien der Schlüssel zum Wettstreit der nationalen Ökonomien untereinander zu sein. Dennoch endete der 1716 gestartete Versuch John Laws in einer Katastrophe, dessen Folgen er sich nur durch die Flucht aus Frankreich entziehen konnte. Seine letzten Lebensjahre verbrachte er in Venedig, wo er auch 1729 starb.
Venedigs Adel war viel zu vorsichtig und zu konservativ geworden, um solche Versuche zu wagen. Die Wirtschaft blieb in viel höherem Maß von Edelmetallen abhängig, hatte bei Weitem nicht die Kreditinstrumente zur Verfügung und konnte schon aufgrund der Größe seines Kapitalmarkts nicht mehr mithalten.
Venedig wurde zunehmend zu einem Agrarstaat, der Handel innerhalb seines Gebiets abhängig vom relativ bescheidenen Binnenkonsum. Rohstoffe waren zudem teuer, die Löhne dagegen niedrig, was wiederum den Binnenhandel auf niedrigem Niveau hielt. Auch als erstmals der Getreidehandel 1764 im Großherzogtum Toskana freigegeben wurde, was auf Dauer die Versorgung deutlich erfolgreicher stabilisierte, blieb Venedig auf dem Sektor der Lebensmittelversorgung der liberaleren Wirtschaftsordnung abgeneigt.